C’est une émanation des Commissions Administratives Paritaires. Ce Conseil de première instance, présidé par un juge administratif, est saisi par l'autorité territoriale pour donner son avis sur les fautes commises par les fonctionnaires, ainsi que sur l'insuffisance professionnelle lorsqu'elle donne lieu à licenciement.
Le conseil de discipline est saisi pour toutes les sanctions des 2ème, 3ème et 4ème groupe, telles que définies par la loi du 26 janvier 1984 modifiée.

Il est à noter que le Centre de Gestion assure en même temps un rôle de conseil auprès des autorités territoriales en matière disciplinaire.